Новее самолеты. Причем существенно. Опытнее пилоты. Больше места между рядами (ну может это мне так не повезло, не знаю - ЧСА летаю редко). Кормят и поят, а у ЧСА стакан воды не допросишься. Причем пару раз у меня была возможность выбрать себе еду заранее, при регистрации. Стюардессы приятнее и (кстати) моложе :). Ну это не суть, но раз ты спросил... Как-то раз я написал в Фейсбуке что-то про Аэрофлот (умеренно положительное) - они это заметили и ответили. Я был поражен, честно говоря. Раньше у них с багажом было однозначно выгоднее летать, но теперь, вроде, халява закончилась.
По мне, так первого пункта + еда/питье - уже достаточно для выбора, если устраивает время перелета и цена.