Если было именно так сказано про национальные права, то смело идти к начальнику этого чиновника жаловаться. Только предварительно убедитесь, что пункты Ваших национальных прав пронумерованы, и, как прально сказал StYlus, на них дополнительные надписи не выполнены кириллицей. Именно эти частовстречающиеся огрехи делают права несоответствующими конвенциям. Ну и требования про время пребывания на территории Чехии чтоб тоже выполнялось.
ЗЫ Правда, не знаю, как классифицируют "международные" права. В законах есть описание, а в пункте про обмен нет уточнения, обмен национальных или международных.
В-общем, я бы взял с собой законы 361/2000 Sb. и 31/2001 Sb., и попросил чинуш ткнуть, где запрет обмена прав (на всякий случай еще раз - если условия конвенций соблюдены).