ИМХО, человеческий фактор.
Нет настроения/пусть следующая смена это сделает.
По недосмотру положили документы в другую стопку.
Опрокинули на документы чашку кофе.
Лицо соискателя не понравилось на фотографии/во время собеседования.
Да мало ли что может быть.
Для консульства долгосрочные визы- обременительная нагрузка. В консульстве должны организовать очередь, принять и проверить документы, упаковать и отправить дипломатическую почту, а решение принимает кто-то в далекой Чехии, да еще и в течение 120 дней.