Вот тут, видимо, и собака зарыта.
Надо было подаваться в цизинецкую полицию. Ну, сами посудите, какое прямое (не косвенное) отношение имеет МВД к иностранцам? Ваше заявление должно было рассматриваться не в МВД, а МИДом (в лице цизинецкой полиции).
У ЦП рассмотрение таких заявлений уже давно налажено. Тамних чиновников не удивишь формулировкой "по чешским корням". Мне кажется, что просто какой-то конкретный чиновник МВД, первый раз столкнувшийся с такой формулировкой, просто взял и отказал, не разобравшись.
Последнее ничего не меняет в том, что, по-видимому, простенькая (без адвоката) аппеляция не прокатит. Так и разбежались они признать свою ошибку! Но "прийдешнiм поколiнням" пусть будет наука - с заявлением на ПМЖ по чешским корням надо обращаться не в МВД, а в ЦП.