Так, я уже не понимаю. Вы о чём?
Если чешское гражданство получено по рождению, то никуда ни на что подаваться не надо. (Впрочем, то же и с любым другим гражданством по рождению. По крайней мере должно быть.)
Если нечешское гражданство получено впоследствии добровольно, то чешское тем самым уже утеряно и не существует. Независимо от того, кто что знает или не знает. Главное, что вы это знаете, что чешского гражданства нет, со всеми вытекающими последствиями (хотя бы необходимость оформления права на жительство для иностранца-ребёнка, для начала).
Если по рождению получены несколько гражданств согласно законов этих стран, то с чешским и российским точно всё в порядке.