Подождите, тут же два совершенно разных лица!
Есть физическое лицо, получающее доходы в России (как индивидуальный предприниматель) и, вероятно, в Чехии (от деятельности своей фирмы — зарплату, дивиденды), и эти доходы можно подводить под конвенцию, чтобы их или часть их не налогооблагать два раза.
И есть совершенно отдельное юридическое лицо, чешская фирма, предоставляющая услуги в России, и её доходы (не имеющие ничего общего с доходами физического лица) должны быть налогообложены абсолютно отдельно (в какой стране, тоже должно быть написано в конвенции).
То есть "просто показать российские уплаченные налоги", возможно, облегчит здесь участь физического лица, но не касается фирмы никаким концом.
Не?