Сильно по разному. Во первых - да, это те самые коробочки, номер которой определяют конструкции на дороге. Потом на фирму приходит фактура.
В Германии - спутниковая система слежения, которая накапливает сумму по сигналам с орбиты (мне видно, сколько стоит км дороги по которой я еду в это время). Похожая система в Бельгии. В Голландии и Люксембурге - покупаешь на каждый день электронный ваучер. В Швейцарии - регистрируется километраж на вьезде и выезде - сколько проехал столько и заплатишь, вне зависимости где и как ездил. В Италии, Франции, Австрии и Испании - смешаная система (коробочки и платные участки)
В те места где могут влезть стараются посылать рефрежираторы и коробки, куда особо не влезешь. Ну и плюс внешние замки разнообразной формы. При вьезде в зону евротоннеля или порта - стоят системы контроля (запах, собаки, ретген ...). Если найдут нелегала - да, проблема. Стараемся в опасных с этой точки зрения местах не останавливаться. Во всяком случае в радиусе 80 км от Кале на паркингах машин нет и сами паркинги напоминают военные зоны - обнесены колючей проволокой и вышка наблюдения.
На/в Украину фирма не ездит, если вдруг - ну тогда и буду думать, пока это не актуально. На сегодня самые восточные точки моих командировок - Вена, Прага, Дрезден.
P.S. Копия (остающаяся у водителя) после проезда по территории Швейцарии