Если бы до всяких действий пред, я бы сделал так:
Для начала надо убедиться, что программа действительно деинсталлирована - клавиши Windows и R совместно.
Появится командная строка. В ней надо набрать appwiz.cpl, запустить и найти Skype.
Если нет, то перед удалением инсталляции целесообразно сохранить настройки.
В командной строке набрать и выполнить %appdata%\Skype
Следует скопировать папку Pictures и папку, название которой совпадает с логином Skype, в архивную папку.
Затем надо удалить папку Skype - набрать %appdata%, выбрать папку.
Далее зайти в C:\Program Files, удалить папку Skype и папку SkypePM
Теперь почистить все элементы реестра - надо запустить regedit из командной строки, зайти в меню Find, набрать Skype, запустить и удалить все результаты поиска, их может быть около 50.
Существуют и другие пути доступа к ресурсам. Кто как привык...
Я давно не прикасался к Vista, но думаю всё корректно.