Вот-вот. Всегда в таких мутных историях всплывают (или умалчиваются) иные причины. Если закон пусть формально, но соблюдался, то никто не может обвинить человека в обратном. Да и как правильно заметили, ПМЖ дается не за фирму, а на основании легального пребывания в течение 5 лет.
Разве что, если удастся доказать, что для получения ВНЖ в свое время не было оснований (поддельные документы, например), тогда, конечно, и ПМЖ можно лишить с волчьим билетом.