Увы, тут начинаются одни гипотезы, которые ни проверить, ни опровергнуть пока не понятно как. Но к вопросу об объеме материи. Есть такая гипотеза, что всё вокруг - это некое возмущение некоего поля. Если это так, то материи могло просто не быть. Я бы тут вопрос шире ставил - почему ничего не было, а потом бац и появилось. По одной из гипотез вселенная может пульсировать, т.е. сначала до определенного момента разлетаться, а потом обратно сжиматься в сингулярность. Но даже если так, то всё равно остаётся вопрос - а единственна ли наша вселенная, а _почему_ она вообще есть, и т.д. Т.е. как бы мы далеко ни забрались, всегда останется ещё вопрос.
Её не проморгали. Тёмная - это значит "неясная". И она не факт, что есть. У нас вполне могут быть недостатки в теории.