По-моему, следует спокойно в письменном виде и доходчиво изложить на бумаге свои претензии и попросить письменного разъяснения и вручить их фирме с подтверждением о превзятии.А по результатам ответа, имея на руках документы, действововать дальше сообразно ситуации.Можно проконсультироваться с юристом. Но юристу надо показать официальный ответ фирмы. А не "брызгать слюной" и вкладывать нервную энергию в решение вопроса.
Врядли написание письма отнимет много времени и энергии. Но даже если вы не правы, то у вас будет опыт, а если поделитесь результатами, то и у нас о том как понимать такие подъемные.
У меня такое ощущение. Вы возврашаете деньги которые получили, фирме обратно. То есть вы их фактически не получили. Таким образом и налог с них не должен быть заплачен или как-то зачтен обратно.Возможно, что в фирме тупоголовая бугалтерия и ваши претензии вернут все на место. Но это мнение с точки зрения здравого смысла, а не с точки зрения закона.