(конец п. 19 в документе по второй ссылке; получается, что дети до 5 лет, вписанные в паспорт родителя, обходятся без фотографии, а при получении проездного документа ребёнка – что естественно – и до 5 лет нужна фотография).
В общем, требуйте от консульских, чтобы вам назвали конкретный пункт конкретного документа, на основании которого вам отказывают. И не требуйте от них паспорт для ребёнка, но "проездной документ"!
Да, и визу/побыт чешские тогда ребёнку будете, само собой, отдельно оформлять.