Взято с того самого сайта посольства :
Не требуется оформление транзитной визы Словацкой Республики.
При наличии у иностранца:
1
2
3
4 визы или разрешения на проживание, выданных одной из новых стран, вошедших в Европейский Союз (кроме Болгарии и Румынии)
5
Новые страны, вошедшие в Европейский Союз: Кипр, Чешская Республика, Эстония, Литва, Латвия, Венгрия, Мальта, Польша, Словакия, Словения
То есть транзит разрешен получается ???
Всем спасибо, только что зашел человек в консульство Словакии в МСК и уточнил, ответили что для транзита ничего не потребуется!