Что-то вы, дядьки, в дебри какие-то полезли.
Индекс на stage_log.id_*_state нафих не нужен. (почти наверное)
Ибо никто по ним ничего выбирать не будет. А если по этим полям и будут выбирать, то, судя по названию, cardinality там будет очень высокой, соответсвенно индекс там использоваться не будет.
Здесь индексы нужны только на первичных ключах и то, для порядку.