Ну вобщем лучше всего пользоваться родным/портированным/кроссплатфоменным аналогом софта.
Хотя если нужно пользовать что-то специфическое, типа какого-нибудь бухгалтерского софта, который никто никогда не портирует, то тут выбор не стоит - ставить окна.
Из виртуальных машин мне очень приглянулся VirtualBox. Простой и функциональный. Надо сказать, что когда запущенную винду перекидывашь на отдельный десктоп и настраиваешь компизовский куб, то переключение между OS превращается в удовольствие
Но это решение однозначно не для нетбука.