Если программа отображает чешские символы не в unicode, то полностью проблему решить не получится.
Есть настройка:
Regional and Language options -> Advanced
Там выбирается кодовая страница для неюникодных символов. Ее можно переключить на "Czech" и скорее всего все заработает. Но могут возникнуть проблемы, например, с программами на русском языке, которые русские буквы отображают не в юникоде.
Полностью проблема решается установкой виртуальной машины, на которую инсталлируется чешская винда и чешские же программы