Вообще-то вариант без jsem в современном чешском совершенно ненормативный, а логическое ударение на «я» в таком случае зависит от наличия ударения, так сказать, физического, потому что в разговорном ненормативном чешском употребление já в первом лице единственного числа само по себе не означает никакого логического ударения, в отличие от такой же ситуации с другими местоимениями.
Проще говоря, именно já вырвалось из общего принципа, что чешское местоимение употребляется только для логического ударения, и стало употребляться в разговорной речи всюду, уже без никакого ударения (по крайней мере, в пражских/среднечешских говорах, за другие уверенно не скажу). Возможно, в следующие столетия за ним последуют другие местоимения, после чего отомрут вспомогательные глаголы, как это произошло, скажем, в восточнославянских языках.