Не буду включаться в юридическую часть дискуссии с чешской стороны. Предлагаю рассмотреть логику российского (например) пограничника в аэропорте. Для российского пограничника единственным законным документом является действующий (новый) паспорт. В аннулированный старый он заглядывать не обязан, потому как для него это просто бумажка в обложке А в новом действующем паспорте чешской визы (ВНЖ, ПМЖ) нет, естественно.
То есть основная задача - преодолеть ближний кордон, а уж с чешской стороной (ИМХО) будет проще, потому как действующую визу (ВНЖ, ПМЖ) его страны чех вполне примет за аргумент даже в чужом недействующем паспорте.
А вот оставить решение вопроса на польского погранца (если не лететь, а ехать) - это экстрим настоящий, хотелось бы таки узнать результат .