У нас дочка родилась в Чехии год назад. Ситуация в точности как у вас. Дочка записана в паспорт жены в транскрипции с украинского, а виза выдана на фамилию, что записана в родном листе. Знаю что -ова можно по согласию двух родителей убрать (мы перед получением родного листа в уряде писали заявление). Но это не помогло т.к. различая есть даже в первой букве фамилии. На этот парадокс все разводили руками и в уряде, и в полиции. Так год и прошёл...