У меня была такая же ситуация.
Скажу сразу, это было в феврале 2003 года, может что поменялось.
Сначала получил короткую, потом хотел подать на длинную.
Не взяли доки, сказали чтоб ехал по короткой а потом подавал на длинную.
Как оказалось, при открытой визе на другой тип визы подавать нельзя.
Пришлось ехать по котроткой, через 3 месяца вернуться, подать на длинную а потом на короткую и ждать длинную в Праге.