Естественно, так и должно быть.
Было бы абсурдным требовать от Вас дорожную медстраховку на весь срок действия рабочей визы, ибо де-юре Вы будете являеться участником чешской системы публичного медицинского страхования с первого дня работы в силу закона. Более того, в законе прямо говорится об отсутсвии необходимости предъявлять медстраховку при въезде в ЧР наемных работников.
А из практических соображений что я бы лично порекомендовал Вам приобрести иностранную медстраховку на первый месяц пребывания - так сказать, на оргпериод, пока будут выполнены необходимые регистрации, получены номера, страховая карточка и пр.