Ну, я привык сам, ручками заливать бекапы, но да, видимо, в этой ситуации самый лучший вариант поставить софт дропбокса (или чего подобного) на комп, чтобы хотя бы иметь это всегда возможность восстановить. Правда, в бесплатной версии (конкретно в дропбоксе) будет всего 30 дней на восстановление. Так что если файл удалился больше, чем 30 дней назад, то облако ничем не поможет
Аудит удаления можно и в обычной (не серверной) винде включить. Так что, наверное, включу.
Спасибо за советы.
P.S. Process Monitor у меня стоит штатно. Впрочем, для других целей, но эту проблему я бы в нём выловил. Проблема в том, что файлы пропадают внезапно - не так что регулярно, каждый день.