В Латвийском посольстве, мне четко и ясно сказали, что въехать и выехать можешь только через латышскую границу. Не уверена, что правильно для себя нашла объяснение, думаю это касательно только тех стран, которые граничат со страной, кот не входит в Шенген.
На практике, получилось так, что после латышского ВНЖ выехала в Чехию, нигде штампа о выезде не поставили (потому как в пределах ЕС). Как только латышское ВНЖ закончилось, к бабушке наведалась иммиграционная служба. Проверить, не осталась ли я после окончания визы. После того как я позвонила и объяснила, что я уже в Чехии, вроде как поставили отметку в системе (хотя говорили, что чешское посольство никакую инфу не передала), еще раз заявились к бабушке. И на этом дело закончилось.
Не мешаю мухи с котлетами ВНЖ и тур визу, на примере видно что не смотря что ЕС, между странами участниками связь не отлажена, выедешь из одной страны, в другой стране еще будешь числится.