А, может быть, просто тупо написать в трудовом договоре: должностные обязанности директора согласно этому трудовому договору не совпадают с функциями еднателя, установленными Торговым кодексом и уставом общества? Человек ведь именно этот факт не сумел доказать в суде. А если было бы четко и в лоб прописано, то и проблем, возможно, не возникло бы.