В предпринимательском "уржаде" есть единый регистрационный формуляр, заполните его и автоматически зарегистрируетесь и в социалке, и в налоговой. Либо можно лично это проделать.
Я регистрировался в налоговой сразу после присвоения IČ. IČ присваивается Торговым судом. У вас видимо другая немного ситуация, т.к. вы находитесь в Чехии, а у меня это был процесс с перерывом на полгода, пока ждал визу. Но точно надо регистрироваться в Торговом суде и в налоговой сразу.