Вот я ж как раз об этом и писал.
Надеюсь, это просто все напутали.
Во-первых, указанное решение Европарламента и Совета ЕС НЕ является обязательным — каждая новая страна ЕС сама решает, применять его или нет.
Во-вторых, страны, согласившиеся применять это решение, насколько я вижу в его тексте (ссылки ниже), НЕ МОГУТ не признавать отдельных типов виз (например, одноразовых), выданных нынешними "шенгенскими" государствами; они могут выборочно признавать (или совсем не признавать) только разные типы виз или разрешений на жительство, выданных новыми членами ЕС.
В-третьих, страны, согласившиеся применять это решение, НЕ МОГУТ разрешать такой условно-безвизовый транзит на срок более 5 дней в одном направлении на все пересекаемые новые члены ЕС (так что фраза о не более чем 90-дневном пребывании в Словакии с разрешением на жительство другой страны ЕЭС хоть и приятна, но не относится к указанному решению, которое касается только вопросов транзита).
В порядке уточнения, страны, согласившиеся применять это решение, НЕ МОГУТ ограничивать его применение гражданством проезжающего.
Примечание. Условия признания разрешений на жительство Швейцарии и Лихтенштейна несколько другие.
Решение 895/2006/EC Европейского парламента и Совета ЕС о возможности для новых членов ЕС признавать определённые документы в качестве эквивалента национальной визы с целью транзита (англ. яз.; вверху ссылки на тексты на других языках стран ЕС)
Решение 896/2006/EC Европейского парламента и Совета ЕС относительно признания определённых разрешений на жительство Швейцарии и Лихтенштейна с целью транзита (англ. яз.; вверху ссылки на тексты на других языках стран ЕС)