Во-первых, не будут — это будущее время. Пока что как раз только другие и выдают, которые касаются только Чехии. Мне кажется довольно очевидным, что уже выданные чисто чешские визы должны будут "умереть своей смертью", то есть истечь :^) Но от самого устранения пограничного контроля эти уже выданные визы "шенгенскими" никак не станут.
Также возможно (но это пока только допущение в пессимистическом тоне), что и после "принятия Чехии в Шенген" длительные ("свыше 90 дней") чешские визы ещё какое-то время будут давать право находиться только в Чехии (плюс, возможно, с правом транзита через другие страны). Я, к сожалению, не знаю точно, есть ли хоть какие-то элементы общеЕСовской политики относительно длительных виз. В принципе любые разрешения на пребывание свыше 90 дней, в том числе и визы, — это национальная политика отдельных стран, и ЕС её регулирует пока очень мало. Единственное, что мне кажется, — что residence permit, который "с быком", с большой степенью вероятности должен бы "автоматически" признаваться за право попутешествовать по "остальному шенгену".
Если кто знает точнее, буду рад просветиться :^) У меня сейчас совершенно нету времени лезть в длительные поиски, а быстрый ответ мне пока не попался.