Они совершенно неправы, виза типа D всегда выдаётся только одной конкретной страной и даёт право пребывать на протяжении своего срока действия только в этой стране, код которой там и указан, но с 2009, если не ошибаюсь, года эта виза, выданная «шенгенской» страной, даёт право краткосрачного («до 90 дней» в течение полугода) посещения всех остальных стран «шенгена» (естественно, в «туристическо-транзитном» режиме, то есть без трудоустройства и проч.).
Но это их специфика: насколько я слышал, в нескольких странах вроде как раз Нидерландов виза D действительно фактически служит только для вьезда и начинает процесс конвертирования в разрешение на проживание немедленно, поэтому они у себя привыкли, что с такой визой особенно не разгуливают, потому что почти сразу получают другой документ. Тем не менее, чешская практика (отсидеть весь первый год на визе D и только потом превращать её в ВНЖ) тоже совершенно нормальна.