Кажется, это обьяснение уже разбирали и пришли к выводу, что оно не имеет ничего общего с действительностью, но не могу найти. Может, это не на этом форуме было.
Вкратце — это код не отказа, а запроса. Штампик-то с кодом ставится в момент подачи документов, а не в момент отказа. Код в нём обозначает лишь тип запрошенной визы. C — это и есть тип C, цифры, очевидно, означают какой-то подтип. В данном случае получается, что двойкой обозначили то ли запрос вообще на право многократного вьезда, то ли конкретно C, которая вместе с D.
Вот как раз потому и могли, если виза D + C уже выдана (хотя в паспорте пока и не стоит), то есть положительное решение о её выдаче принято, и в шенгенской базе данных числится, а две одновременно действующие визы C иметь нельзя.