Проблема в том, что одними и теми же словами в разных ситуациях называют совершенно разные вещи, причём во многих случах говорящие сами не имеют понятия, о чём говорят.
С одной стороны, вот по ссылке сверху přechodný pobyt — это пребывание иностранца на срок до 3 месяцев в течение полугода. Таким образом любой иностранец из третьих стран, имеющий в Чехии визу D либо povolení k dlouhodobému pobytu либо povolení k trvalému pobytu, под определение přechodný pobyt в отношении иностранцев уже не подпадает.
Кроме того, для граждан стран ЕС и приравнённых к ним есть отдельное понятие přechodný pobyt, о котором они могут получить povolení k přechodnému pobytu, это пребывание в Чехии свыше 3 месяцев в течение полугода, но без отказа от trvalého pobytu в стране происхождения.
С третьей стороны, есть обиходное понятие přechodného pobytu как противовеса trvalému pobytu уже в совершенно другом смысле, а именно адреса места «временного» проживания, а не постоянного. Штука в том, что это понятие в таком смысле отменено ещё в 2000-м году, но остаётся жить в памяти народной и, возможно, в чьих-то ведомственных документах.
То есть ещё раз: в отношении иностранцев из третьих стран надо различать (но не всегда различают!) přechodný pobyt как противовес чешским визе D, dlouhodobému pobytu либо trvalému pobytu, как разные статусы пребывания в Чехии. В отношении иностранцев из других стран ЕС и приравнённых к ним přechodný pobyt есть противовесом trvalému pobytu тоже как статус, а пребывание до 3 месяцев за полгода вообще не считается.
А с другой стороны есть неофициальное понятие přechodného pobytu как адреса временного жительства в Чехии любого человека, независимо от гражданства, в противовес trvalému pobytu как адресу постоянного жительства; неофициальное потому, что юридически уже давно не существует (во времена социализма это был примерный аналог советской «временной прописки»).
То есть надо различать (но опять же далеко не всегда различают!) понтятие всякого разного pobytu как наличие адреса в Чехии любого человека и всякого разного pobytu как статуса в Чехии иностранца, причём вдобавок для граждан и неграждан ЕС статус přechodného pobytu совершенно разный при одном и том же названии.