Не хочу вас заранее обнадеживать, но мне кажется в этой ситуации вообще нет ничего необычного. Просто когда вы будете подаваться в полиции (по своему старому, действующему паспорту, а может даже уже и по истекшему разрешат), вы принесете справку из консульства что ожидаете выдачи загранпаспорта, и в полиции вам выдадут специальную бумагу, о том что вы находитесь в ЧР легально и ждете выдачи паспорта. По шенгену наверное с этой справкой ездить тяжело, но в пределах Чехии думаю вообще никаких проблем с ней не будет. На родину для этого думаю выезжать не придется.