Вы к этому подходите со своей колокольни, для вас происходящее - цепочка событий, какое-либо изменение сейчас вызывает недоумение почему это не выяснилось раньше.
Но для тех чиновников, к которым вы обращаетесь, каждый ваш вопрос - просто отдельное событие, которое решают совсем разные люди и не обязательно рассматривают происходящее в связи с остальными событиями вашей жизни.
Лично знаю случай, когда человек продлевал свыше 5 лет ВНЖ (еще до введения 5-и летнего ценза) с одним и тем-же переводом св-ва о рождении, но при получении ПМЖ его завернули - перевод был сделан с незаверенной копии, и свыше 5-и лет этого никто не замечал. Сделали новую заверенную копию, перевели - ПМЖ был получен, никакой депортации.
Тот, кто рассматривает ваше ходатайство о гражданстве, руководствуется несколько иной служебной инструкцией, составленной именно для решения вопросов гражданства, там могут быть предусмотрены иные критерии оценки документов.
В обшем депортации я бы не опасался, но об апостиле позаботился бы.
Свои соображения по формальной стороне вопроса я писал выше.
Не думаю, что это такая проблема (имею в виду, с юридической точки зрения / практическая реализация, конечно, потребует определенных усилий), из-за которой стоит давать в руки чиновникам готовый формальный повод для отказа.