Плохо не это, а то, что это новое написание внедряется и в русский язык. Если русскоязычная газета обязана писать Шымкент, вместо устоявшегося в русском языке слова Чимкент, это мне каждется ненормальным.
В казахском языке 42 буквы. Можно догадаться, что и звуков тоже больше. Поэтому, некоторые названия просто невозможно с абсолютной точностью вопроизвести на русском. Например, Караганда по-казахски Караганды (это не перечеркнутое г, это буква такая, звук похож на чешский h) В классическом русском языке такого звука нет.