Who do you think John will phone first, Jessica or Carrie? - в данном случае прямой порядок слов, потому как это Indirect Questions. В первой части (главной) предложения, вопрос уже есть, во второй части - прямой порядок слов.
Are you cooking dinner or am I? - Alternative questions - повторить можно здесь.
You're not from London, are you? - это Tag questions, повторить тему можно здесь