Алексей, я не понимаю твою логику.
Ты ПЛАНИРУЕШЬ окончить бакалавриат в 6 семестре(не факт, что ты его закончишь в 6), но ты можешь теоретически учиться дальше 4 год (7,8 семестр), под это и взять справку и продлеваться. То, что ты закончишь раньше, вопрос второй, цель пребывания у тебя сохранится при переходе на магистратуру.
Я не знаю какие "тараканы" в деканате 2 факультета, но я получал справку на 4 год обучения в магистратуре в середине 6 семестра.
Почему сдаешь экзамены на магистра, дополнительные кредиты получил ?
На каком основании тебе продлили до 31.6, если справка была до 31.8 и все доки ОК ?