У них принцип тот, что предлагаются для выбора и последующего учёта религиозные организации, зарегистрированные в Чехии, прихожанами которых вы фактически являетесь (очевидно, независимо от того, что можно быть верующим Японской православной церкви, в отсутствие таковой в Чехии её верующий пойдёт в храм Чешской православной, и под ней же себя и перепишет).
Заполнившие что-то за пределами этого списка, вероятнее всего, попадут в "Другое".
Подворье РПЦ — это один-единственный известный храм в Карловых Варах (типа organizační složka, представительство в стране, где сама организация не работает), так что это пункт для его прихожан. Все остальные православные храмы в Чехии — это ПЦЧЗ.
А вообще я лично считаю, что вера (или её отсутствие) — это личное, и нечего этот пункт заполнять.